נכון להיום, מערכת החינוך בישראל כוללת ארבעה זרמי משנה נפרדים: הממלכתי הכללי (יהודי-לא-דתי), הממלכתי-דתי (יהודי), הממלכתי הערבי והזרם החרדי ("מוכר שאינו רשמי"). זרמים אלה נבדלים באופן משמעותי מבחינת המבנה האדמיניסטרטיבי והניהולי, וכן במידת הפיקוח הממשלתי עליהם.
1. הזרם הממלכתי הכללי (יהודי-לא-דתי) זרם זה נועד לפתח ידע, מיומנויות וערכים המתאימים לאורח החיים ברוח חוקי המדינה, ללא תלות במפלגה או קבוצה אתנית כלשהי. זרם זה כולל 44% מכלל התלמידים.
2. הזרם הממלכתי-דתי (יהודי) זרם זה הוקם במטרה לטפח ידע, מיומנויות וערכים התואמים את אורח החיים הדתי. הוא נהנה מעצמאות ניכרת בנושאים פדגוגיים ואידיאולוגיים. זרם זה מכסה 14% מכלל אוכלוסיית התלמידים.
3. הזרם הממלכתי הערבי זרם זה מכונה "החינוך הערבי" ובדרך כלל כולל את כל המגזרים הלא-יהודיים: המגזר הערבי (כ-72% מהאוכלוסייה הלא-יהודית), המגזר הבדואי (20%), הדרוזי (כ-7.8%) והצ'רקסי (כ-0.2%). ניתן לחלק את ענפי החינוך הערבי-ממלכתי גם לפי דת: 84% מוסלמים, 8% נוצרים ו-8% דרוזים. זרם זה כולל 27% מכלל אוכלוסיית התלמידים בישראל. כמעט 20% מהתלמידים הערבים בישראל לומדים במערכת החינוך הערבית במזרח ירושלים. בשנות ה-90 עברה מערכת החינוך במזרח ירושלים מתוכנית הלימודים הירדנית לתוכנית הלימודים הפלסטינית. רוב התלמידים ניגשים לבחינות גמר המזוהות עם הרשות הפלסטינית, ורק כ-5% מהם ניגשים לבחינות הבגרות של מערכת החינוך הישראלית.
4. הזרם החרדי (חינוך אורתודוקסי עצמאי) זרם זה נועד לטפח ידע, מיומנויות וערכים התואמים את אורח החיים החרדי. הקהילה החרדית היא אוסף של קהילות דתיות יהודיות שעל אף דפוסים אידיאולוגיים והתנהגותיים משותפים, נבדלות זו מזו באופן מהותי בהיבטים אחרים. בתי הספר החרדיים פועלים בהפרדה מלאה בין בנים לבנות. בשנת 2010, כמחצית מתלמידי בתי ספר אלה, שהיו בעיקר בנות, ניגשו לבחינות גמר. היתר, רובם בנים, מסיימים את לימודיהם ללא לימודי יסוד במתמטיקה, מדעים ושפה אנגלית. זרם זה כולל כ**-16%** מכלל אוכלוסיית התלמידים בישראל.
