התקיפה של ישראל בקטאר הוצגה כמבצע שעבר בקונצנזוס, אבל היו גם התנגדויות והסתייגויות לביצוע התקיפה – שהושמעו בחדר ההתייעצויות טרם התקיפה. יש לראש המוסד דדי ברנע, הסתייגות שנוגעת גם לתזמון וגם למיקום התקיפה. "עד היום מי שבסוף הצליח להשפיע לגבי עסקה היו הקטארים. קחו את זה בחשבון", אמר ראש המוסד בדיונים לפי שני מקורות שבקיאים בפרטים.
ברנע הביע הסתייגות עמוקה מתזמון ומיקום התקיפה. "מן הסתם כולם בני מוות ביום שאחרי המלחמה", הבהיר ברנע. "אבל כל עוד הם שם, כשהקטארים הם המתווכים המרכזיים, לדעתי זו טעות". בכירים נוספים טענו שהתקיפה עלולה להוות פגיעה קשה ביחסי האמון שיש למוסד עם קטאר, ועלולה להשפיע על יחסי האמון מול מדינות אחרות.
בסופו של דבר, ראש המוסד הציע להמתין עם התקיפה כשבוע ימים, עד אחרי שיפוג האולטימטום של טראמפ לחמאס להשיב להצעה באופן רשמי. פנינו למוסד, שם סרבו להתייחס, אבל רק נאמר שלא רק ראש המוסד, גם ראש אמ"ן שלומי בינדר, הרמטכ"ל אייל זמיר והאלוף ניצן אלון, שכפי שפרסמנו אמש לא זומן לדיונים המכריעים, כולם כאחד סברו שההשפעה על המו"מ לא בהכרח תהיה חיובית, וצריך למצות את נתיב המו"מ לפני ביצוע ניסיון החיסול.
בשעות הצוהריים כבר ניכרו ההשלכות האפשריות על המשא ומתן ובעיקר על התיווך הקטארי. בחמאס התעקשו שלא ייסוגו מדרישותיהם, ובדוחה מבהירים שאין כרגע קרקע אמיתית להמשך השיחות. חמאס פרסם אחר הצוהריים הצהרה רשמית בשם חוסאם בדראן, שלפי הדיווחים נטען שהיה אתמול בזירת ניסיון החיסול. בהצהרה הודגש כי זה "לא ישפיע על החלטות ההנהגה שלנו ועל התיאום המתמשך שלנו עם הפלגים בסוגיות השונות".
כבר אתמול בערב הדגישו בחמאס כי "ניסיון ההתנקשות הזה לא ישנה את עמדותינו ודרישותינו הברורות הכוללות: הפסקה מיידית של התוקפנות נגד עמנו, נסיגה מוחלטת של הצבא הישראלי מרצועת עזה, עסקת חילופי שבויים אמיתית, סיוע ושיקום לעמנו".
יום לאחר מבצע "פסגת האש" לחיסול צמרת הלשכה המדינית של חמאס בדוחא, נשמעו דיווחים שהתקיפה נכשלה, בשל החלטת מנהיגי חמאס לקיים את תפילת הצוהריים ולעזוב את חדר המשא ומתן. על פי הדיווחים, מנהיגי חמאס השאירו את הטלפונים הניידים שלהם בחדר המשא ומתן, מעשה שהטעה את שירותי המודיעין הישראליים וגרם להם להאמין כי המנהיגים עדיין נוכחים ביעד התקיפה.
התקיפה בוצעה באמצעות 12 טילים ו-15 מטוסי קרב, ומטרתה העיקרית הייתה לחסל את בכירי חמאס ח'ליל אל-חיה, זאהר ג'בארין וח'אלד משעל. עם זאת, על פי הדיווחים, צוות המשא ומתן של חמאס, שבחן את תוכנית הפסקת האש המוצעת של טראמפ, שרד את התקיפה של חיל האוויר הישראלי.
